微波具有熱效應和非熱效應雙重殺菌作用。微波熱效應殺菌機理的簡述是：生物細胞是由水,蛋白質,核酸,碳水化合物,脂肪和列機物等復雜化合物構成的一種凝聚態(tài)介質。該介質在強微波場的作用下,溫度升高。其空間結構發(fā)生變化或破壞,蛋白質變性,影響其溶解度,粘度,膨脹性,穩(wěn)定性,從而失去生物活性。 微波非熱效應殺菌機理的簡述是：微波作用能改變生物性排列聚合狀態(tài)及其運動規(guī)律,而且微波場感應的離子流,會影響細胞膜附近的電荷分布,導致膜的屏障作用受到損傷,影響ＮＡ-Ｋ泵的功能,產(chǎn)生膜功能障礙,從而干擾或破壞細胞的正常新陳代謝功能,導致細菌生長舒緩,停止或死亡。再則細胞中的核糖核酸（ＲＮＡ）和脫氧核糖核酸（ＤＮＡ）在微波場力作用下可導致氫鍵的松馳,斷裂或重組。誘發(fā)遺傳因子突變或染色體畸變,從而影響其生物活性的改變,延緩或中斷細胞的穩(wěn)定遺傳和增殖。
簡單地說微波殺菌,保鮮是微波熱效應和非熱效應共同作用的結果。微波的熱效應主要起快速升微波殺菌溫度僅在７０至９０度,時間約為幾分鐘。溫殺菌作用；而非熱效應則使用微生物體內(nèi)蛋白質和生理活性物質發(fā)生變異,而喪失精力或死亡。因此,微波殺菌溫度低于常規(guī)方法,一般比較,常規(guī)方法殺菌溫度要在１００度以上,時間要在十幾分鐘至幾十分鐘,而
微波殺菌優(yōu)點：

1. 時間短。速度快：常規(guī)熱力殺菌是通過熱傳導方式將熱量從食品表面?zhèn)髦羶?nèi)部,往往需較長時間,內(nèi)部才能達到殺菌溫度。微波則利用其透射作用,以熱效應和非熱效應的共同作用,是物品內(nèi)外均勻的,迅速升溫殺滅細菌。處理時間大大縮短,在強功率密度強度下,甚至只要幾秒~數(shù)十秒達到滿意效果。
2.低溫殺菌,保持藥品成分：微波熱效應的快速升溫和非熱效應的生化作用,增強了殺菌功能。相比常規(guī)熱力在比較低溫的溫度,較短的時間內(nèi)就能獲得滅蟲菌的效果,一般殺菌溫度在75~80,處理時間3~5分鐘。

3．節(jié)約能源：微波電磁轉換率高,一般在70%以上,優(yōu)于加熱的電熱效率。加之,微波是直接對食品進行磁熱能量轉換,微波加熱器本身不會被加熱,因而不存在額外的熱功耗,所以節(jié)能省電,相比節(jié)電30~50%

4．殺菌均勻完全：常規(guī)熱力殺菌是從物料表面開始的,而微波的穿透性,是表面與內(nèi)部同時受熱,保證內(nèi)外均勻殺菌。

5．易自動化生產(chǎn)：微波設備操作簡單,沒有熱慣性,能根據(jù)生產(chǎn)工藝要求適時調控。整條生產(chǎn)線只需1~2名工人。

6．工藝先進：微波殺菌設備不需要鍋爐。復雜的管道系統(tǒng)。煤廠和運輸車輛等,只需水,電基本條件即可,對廠房無特殊要求。投入資金少,有效果快。

7．節(jié)省占地面積：微波設備無高溫余熱,不產(chǎn)生熱輻射,能改善工作環(huán)境；而且設備結構緊湊,節(jié)省廠房面積。